组合式空调机组与很多大型设备一样，购买完成后，其使用寿命与该设备的后期维护清洁，正确操作使用设备的要求一样，需要使用人员及时清除灰尘，清洁设备的污垢。这样才能保证设备正常运行，达到使用设备年限的大化。
组合空调机组功能段的设置要根据生产工艺或洁净室要求确定，这是基本原则。组合式空调机组功能段的合并及取舍要与空调房的设计紧密结合起来。
必须对净化机组中的微生物污染点进行控制。由于结构、温湿度较适宜细菌等微生物的滋长，净化机组的箱体、过滤器、消声器、加湿器等成了潜在的微生物污染点，必须对其进行控制。如机组箱体应无破损、无锈蚀、耐消毒、保温及密封性能好，可使用如在冰箱上已广泛应用的抗菌材料；过滤器性能指标符合要求；消声器、加湿器等不滞留可凝物；机组内经常清洗或消毒。
